Stiftelsen ser på læring og utvikling som en ikke-lineær prosess. Avlært atferd og gamle tankemønstre kan komme tilbake i utfordrende situasjoner, der forventningene og normene ikke er de samme som i kollektivet. Stiftelsen Klokkergården ser på generalisering og vedlikehold av ny læring som en prosess som krever at ungdommene blir gitt utfordringer og erfaringer, samtidig som de har muligheten til å komme tilbake for å reflektere rundt sine valg og handlinger. I perioder kan ungdommene trenge strengere struktur og færre valgmuligheter.

I de siste årene er det blitt utviklet nye behandlingsprogrammer for en del av problemområdene ungdommene som plasseres ved Stiftelsen har.  Dette er programmer som kognitiv atferdstilnærming (KAT), Moral-Dillemma-Diskusjonsgrupper (MDG) og Aggression Replacement Training (ART). Stiftelsen benytter seg ikke av disse programmene i rendyrket form, men har implementert viktige elementer i vårt faseprogram og i identitetsutviklingsprogrammet ID-mission.