For å øke kvaliteten i arbeidet ved den enkelte avdeling har Stiftelsen Klokkergården siden 2004 gjennomført en årlig evaluering av arbeidet på alle avdelingene. Undersøkelsen er en del av Stiftelsens evalueringssystem for kvalitetssikring, og blir gjennomført av psykolog John Agnar Johansen.

Stiftelsen Klokkergården gjennomfører EuroADAD-intervju med alle ungdommene som plaseres ved langtidsavdelingene. Et år etter plassering blir det foretatt et oppfølgingsintervju. Intervjuet kartlegger ungdommenes egne opplevelser i forhold til områdene fysisk helse, skole, sosialt, familie, psykisk helse, kriminalitet og alkohol/narkotika.