Stiftelsen Klokkergården har overordnede målsettinger som viser hvordan Stiftelsen ønsker å utvikle sin virksomhet i et fireårs perspektiv. De overordnede målene blir rullert (evaluert og eventuelt endret) hvert år, og det blir satt opp tiltak og satsningsområder for de neste fire årene. Det er styret som vedtar de overordnede målene etter innspill fra den sentrale ledelsen og ledelsen for de ulike avdelingene. De overordnede målene legger grunnlaget for årsplansarbeidet for hver enkelte avdeling.

Alle avdelingene i Stiftelsen utarbeider årsplan, der de ansatte samles og diskuterer hva som skal være satsingsområdene for tiltaket kommende år. Årsplanen er et målstyringsdokument som skal utarbeides innen desember året før planen skal iverksettes. Det blir satt opp mål og tiltak, og de ansatte for ansvar for å gjennomføre de målene som blir bestemt for avdelingene.

Hvert tiltak skriver også en årsrapport. Dette er en rapport som bygger på årsplanen og skal beskrive aktiviteten ved hver enkelt avdeling i året som har gått. Årsrapporten skal være ferdig innen 1.mars året etter.

• Basisdokument Fag / Håndbok Fag beskiver arbeid med ungdommene og er utarbeidet for hver avdeling. Dokumentene skal presentere målsettinger og beskrivelser av det klientrettede arbeidet ved institusjonen. Det vil si beskrive hva som skal gjøres, hvorfor og hvordan. Håndbok Fag er en manual bestående av prosedyrer for hvordan arbeidet skal utøves i det daglige.
• Basisdokument Organisasjon og Administrasjon inneholder beskrivelser av Stiftelsens organisasjons-, ledelses- og ansvarsstruktur.  
• Håndbok - Organisasjon/administrasjon/drift/personal/økonomi er under stadig utvikling og beskriver ansvar, ledelse, målsettinger og arbeidsoppgaver vedrørende budsjett, personalarbeid, eiendommer, inventar og utstyr.

Alle dokumentene ovenfor er interne plan- og styringsdokumenter.