Stiftelsen Klokkergården ble opprettet i 1980 etter initiativ fra den første pårørendeforeningen innenfor dette feltet i Norge, Aksjonen mot narkomani, nå LMS, Oslo lokalforening. Det var denne foreningens første leder, Gunnhild Bakke, som var pådriveren for opprettelsen. Gunnhild fulgte Stiftelsen Klokkergården meget aktivt, og satt i styret fram til sin død i 2004. Hun ble utnevnt til den første "æresklokker" på Stiftelsens 20 års jubileum i 2000.

Klokkergårdenkollektivet startet i huset til klokkeren i Hof kirke på Arneberg i Åsnes kommune, og Stiftelsen fikk naturlig nok, navnet Stiftelsen Klokkergården. Stiftelseskapitalen på 20.000 kr. ble gitt av Sosialrådmannen i Oslo Kommune. Kollektivet har gjennom årene siden 1980 blitt finansiert av ulike innstanser, som Arbeidsdirektoratet, Kommunal- og arbeidsdepartementet, Sosialdepartementet, Barne- og familiedepartementet, Oslo kommune og Akershus fylkeskommune. Finansieringen var til å begynne med driftsstøtte og fullfinansiering. Fra 1996 måtte driften dekkes via døgnprisbetaling for hver enkelt av de plasserte ungdommene.  

Stiftelsen hadde etter en famlende oppstart i 1980 tre til dels dramatiske avbrudd.

Uten gode hjelpere med Tyrilistiftelsen og Oslo barnevernkontor i spissen hadde Stiftelsen kanskje ikke gjenoppstått.  Det nåværende metodiske grunnlag ble etablert i 1988. Det var Knut Waasjø som ledet Stiftelsen fra denne oppstarten og i over 15 år. Han ble "æresklokker" i 2004.

I 1988 var det Sosialdepartementet som ga støtte til driften av Stiftelsens eneste avdeling, Klokkergårdenkollektivet. Forutsetningen og føringene fra departementet var at Klokkergården (og andre kollektiv) skulle være et alternativ til vanlig institusjonsbehandling av rusmisbrukere ved at det ble drevet som kollektiv med bo- og levefellesskap, hvor medleverne skulle ha sammenhengende arbeidsperiode på 6 til 8 uker der de levde og bodde sammen med ungdommene. Etter en slik arbeidsperiode ble det gitt 2 uker arbeidsfri. Dette var forutsetningen for at Sosial- og arbeidsdepartementet skulle finansiere driften. Etter den nye starten i 1988 har Stiftelsen hatt en stabil og god utvikling. Det er ut fra det grunnlaget som da ble lagt, Stiftelsen har utviklet seg og bygget sin faglige plattform. Stiftelsen Klokkergården har bygget videre på og utviklet kollektivtradisjonen. Vårt faglige arbeid er bygget opp med bo- og levefellskap som grunnlag for det metodiske arbeidet.   

Stiftelsen har hele tiden vært opptatt av hvordan det på best mulig måte kan gis tilbud til målgruppa. Det har vært drevet et betydelig utviklingsarbeid siden re-starten i 1988.  

Stiftelsen er nå en av landets største innen barnevern når det gjelder rusbehandling i heldøgns-institusjoner. Stiftelsen er i dag bygget opp med mange ulike avdelinger og framstår som en tiltakskjede med gode muligheter for oppfølging etter kollektivoppholdet.