Utbyggingene på Klokkergårdenkollektivet gikk over flere år med bygging av et nytt stort kollektivhus med store fellesrom og mange beboelsesrom. Senere ble det bygget et nytt beboelseshus og den gamle klokkerstua ble restaurert, og det ble også gitt plass til klasserom der. 

Helt fra opprettelsen av Stiftelsen Klokkergården, har opplæring og skole vært sentralt. De første årene gikk elevene på offentlig grunnskole på Flisa. Åsnes ungdomsskole opprettet egen klasse med ungdommer fra Klokkergårdenkollektivet. Dette førte til stigmatisering av ungdommene og fungerte særs dårlig. Etter hvert fikk Åsnes kommune til et forpliktende samarbeid med Oslo kommune (1992). Ungdommene gikk første tiden etter plassering på internskolen på Klokkergårdenkollektivet. Åsnes kommune ansatte etter hvert en lærer, og utvidet etter to år til to lærere. Ved etableringen av Måløykollektivet ansatte Stiftelsen en lærer ved denne avdelingen. Dette gjorde at ungdommene ble bedre rustet både faglig og sosialt før de startet opp på eksterne grunn- og videregående skoler.

Det første skrittet mot en tiltakskjedetenkning ble tatt da Stiftelsen våren 1991 etablerte en ettervernsbolig på Kirkenær. Den ble avviklet i 1992 da ny videreføringsbolig ble tatt i bruk på Kjølaberget på Flisa. Denne ble avviklet i 1997 da forventningene om at ungdommene skulle få en realistisk trening i å klare seg selv, ikke ble innfridd. Videreføringsboligen ble på mange måter et forlenget kollektivopphold på en ny adresse. I stedet ble det satset på enkeltstående hybler med oppfølging fra kollektivet på linje med familiehjemmene som ble etablert noen år tidligere. 

Stiftelsen kjøpte i 1992 Vestro Sjøsportsenter i Vågsøy kommune i Sogn og Fjordane.   

Hensikten var å etablere et mindre kollektiv for ungdom som ikke fungerte så godt i store grupper. Etter en vanskelig oppstartsperiode, ble Sjøsportsenteret omgjort til Måløykollektivet og ble på slutten av 1990 årene ombygget og har utviklet seg til et stort kollektiv med 9 plasser. Kollektivet ble også påbygget i 2005 og fikk egne skolelokaler.

I 1994 ble det første familiehjemmet tilknyttet Klokkergårdenkollektivet, og i 1995 var det en familiehjemsgruppe på syv familier. Kollektivene på Østlandet kan i dag ha inntil 10 og kollektivene på Vestlandet inntil 5 familiehjem organisert som et to-base system, og med egne ansatte som står for opplæring og oppfølging. Hybeltrening i egne hybler som en del av videreføringen (to-baser) fra kollektivene er fortsatt i drift.

Stiftelsen har alltid hatt fellesinntak 2-3 ganger i året. Dette viste seg imidlertid å være utilstrekkelig for de som plasserte ungdom. De ønsket å kunne få plassert ungdommen så raskt som mulig etter at nødvendige vedtak var gjort. For fortsatt å kunne opprettholde fellesinntak og innkjøringsleire, ble det opprettet en egen avdeling som kunne ta imot ungdom i påvente av videreplassering etter innkjøringsleirene.  

I 1996 ble Torpet korttidsavdeling etablert, med det formål å ivareta ungdommer som var bestemt for inntak i Stiftelsen eller som på annen måte var i behov av rask plassering. Avdelingen hadde 3 plasser og ble etablert på Finnskogen (der Nyseterkollektivet ble etablert senere), men flyttet i 1999 inn i nytt og større hus ikke langt unna. Dette huset er påbygget og har i dag 5 plasser.

Stiftelsen var etter hvert blitt så stor at det var behov for å etablere en egen administrasjon. Til nå hadde Stiftelsen blitt administrert fra Klokkergårdenkollektivet, men selv for vår alles Turid Gundersen, som mer eller mindre alene hadde ført regnskap, lønnet ansatte og stått for den merkantile jobben, ble det for mye. I 1999 ble det opprettet en felles administrasjon for Stiftelsen i Oslo.

Stiftelsen har gjennom åra tatt imot mange ungdommer fra Oslo og Akershus hvor planen har vært at de skal tilbakeføres nærmere sitt hjemmemiljø. Dette er en vanskelig prosess for mange ungdommer, og for å kunne hjelpe i denne perioden ble det 1999 etablert en avdeling i Oslo for å dekke dette behovet. I 2000 ble det etablert en videreføringsbolig på Oppsal. Dette ga ungdommene en gradvis og trygg overføring via et tilrettelagt program i en videreføringsbolig før en selvstendig tilværelse. I 2004 ble disse to avdelingene slått sammen til avdeling Oppsal.

Behovet for å ha en korttidsavdeling også i tilknytning til Måløykollektivet vokste fram etter de erfaringene som ble gjort med dette på Østlandet. Så i 2000 ble Kannesteinen korttidsavdeling etablert i Vågsøy kommune ikke langt fra Måløykollektivet, med samme formål som Torpet. Avdelingen hadde 3 plasser, men etter utbyggingen i 2003 ble antallet plasser utvidet til 4.  

I 2001 ble avdeling Nyseter etablert i det huset som før ble drevet som korttidsavdeling. Dette var en liten avdeling med inntil 3 plasser. Behovet for å kunne tilby en mindre boenhet har sprunget ut av erfaringen fra de store kollektivene, som opplevde at en del ungdommer ikke nyttiggjorde seg behandlingen i et stort felleskap. I 2002 kjøpte Stiftelsen et større og bedre egnet hus i nærheten av Flisa hvor avdeling Nyseter ble overflyttet. I løpet av 2004 ble avdelingen utvidet til 5 plasser.

Etter at Måløykollektivet ble etablert har det vært mange plasseringer fra Hordaland og Bergen. I 2003 ble det etablert et kontor i Bergen, med formål å tilby ungdommer som flyttet til Bergen, etter et kollektivopphold, oppfølging og hjelp. I tillegg skulle avdeling Bergen ta oppdrag for barneverntjenesten, med bistand til ungdom og familier i hjemmet og med kartlegging og utredning av ungdom etter oppdrag fra barneverntjenestene.

På bakgrunn av en konkret henvendelse fra Oslo om behov for særskilt tilrettelagt tiltak for en ungdom, ble Lilletorpet prosjektavdeling igangsatt i 2003. Prosjektet ble etablert i det huset som avd. Nyseter hadde flyttet ut av. I løpet av 2004 ble prosjektet omgjort til Lilletorpet minikollektiv med 2 plasser og bygningen ble pusset opp både utvendig og innvendig.

I 2003 ble det vedtatt og gjennomført en omorganisering av Stiftelsen Klokkergården.

Stiftelsen ble inndelt i 2 geografiske områder der samarbeidende avdelinger ble underlagt hver sin leder med kontor og utgangspunkt på henholdsvis Klokkergårdenkollektivet og Måløykollektivet. Osloavdelingen ble avviklet i sin daværende form og omorganisert. Oppsalboligen ble en egen avdeling og fikk også ansvar for ettervern/oppfølging. Det ble etablert et fagteam i administrasjonen.  

I 2004 fikk Stiftelsen Klokkergården signaler som tydet på at avtalen mellom Oslo kommune og Åsnes kommune om skoledrift ville bli sagt opp. Bakgrunnen for dette var at det ble plassert færre ungdommer fra Oslo i Stiftelsens avdelinger. Vågsøy kommune hadde på dette tidspunkt ingen avtale med Stiftelsen Klokkergården i forhold til opplæringen som ble gitt våre ungdommer.

Allerede i 2004 startet Stiftelsen arbeidet med å få offentlig godkjenning av egne grunnskoler. Prosessen startet med å få til et samarbeid med de kommunene Stiftelsen hadde avdelinger i. De første samarbeidsavtalene kom på plass i Vågsøy kommune og Åsnes kommune i mai 2005. I påvente av en offentlig godkjenning av skolen, ansatte Stiftelsen Klokkergården egne lærere; en lærer på Måløykollektivet og to lærere på Klokkergårdenkollektivet.

Etter en lang prosess fikk Stiftelsen Klokkergården i desember 2006 offentlig godkjenning av sin grunnskole. Skolen har eksamensrett, slik at elevene kan fullføre et grunnskoleløp med vitnemål hos Stiftelsens Klokkergården skole.

Sommeren 2004 ble eiendommen Bettum i Stokke kommune i Vestfold kjøpt. Bakgrunnen for ønsket om å opprette en ny avdeling var at Stiftelsen opplevde en stor og stabil etterspørsel etter kollektivplassene, og at det var ønske om å etablere en avdeling i region sør. I tillegg hadde Stiftelsen gode personalmessige ressurser til å lede denne avdelingen. Stokkekollektivet startet opp i august 2005 og ble godkjent for inntil 3 ungdommer. Her var planen og bygge ut eiendommen slik at kollektivet kunne ha plass til 6-8 ungdommer.

I januar 2005 startet Stiftelsen en prosjektavdeling på vestlandet i et leid hus i Hagevik ved Måløy. Avdelingen ga tilbud til 2 ungdommer som trenger spesiell tilrettelegging.

Avdelingen ble organisert som en del av Måløykollektivet. I desember 2005 kjøpte Stiftelsen en ny eiendom til avdelingen. I løpet av våren 2006 ble driften overført til det nye huset som ble godkjent for å ta imot 3/4 ungdommer. Avdelingen fikk navnet Sjøly minikollektiv.   

I 2007 gikk Stiftelsen ved Måløykollektivet inn som deltaker i et kulturhusprosjekt i den gamle kinoen og turnhallen i Måløy sentrum. Mye oppussingsarbeider er utført av ungdom og voksne, og det er knyttet store forventninger til hvordan dette utvikles til å bli et mangfoldig kulturhus for ungdom. Dette engasjementet har gitt Måløyavdelingene mye tilbake gjennom positiv omtale og som en ressurs for nærmiljøet.

I 2007 kjøpte Stiftelsen en eiendom i nærheten av Klokkergårdenkollektivet for å flytte Lilletorpet minikollektiv til et bedre og større hus som lå nærmere tettbebyggelsen. Flyttingen av Lilletorpet skjedde i løpet av 2008 og antall ungdommer økte fra 2 til 3.

Det å drive en korttidsavdeling er vanskelig. Etter mange negative episoder og stor belastning på avdelingens ansatte, ble det i 2007 besluttet å omgjøre avdeling Kannesteinen til et minikollektiv for lengre behandling.    

For å kunne gi et bedre tilbud til oppfølging av ungdom fra avdeling Bergen, vedtok styret en omorganisering av avdelingen inkludert kjøp av et hus, slik at Stiftelsen også kunne gi ungdom i en oppfølgingsfase et botilbud med voksne medlevere (lik avd. Oppsal). Huset ble overtatt i 2008 og avdelingen startet opp i begynnelsen av 2008, men kunne ikke motta ungdommer før i juni, da godkjenningen var klar.

Stiftelsen orienterte utdanningsdirektoratet våren 2007 om at skoletilbudet i Stiftelsen ville bli økt med et videregående tilbud for de ungdommene som etter alder tilhørte videregående opplæring.

Stiftelsen har i dag ansatt 3 lærere i tilknytning til kollektivene på Måløy, en lærer ved Stokkekollektivet og 5 lærere, en faglig ansvarlig for arbeidslag og 4 assistenter knyttet opp mot skolen som har beliggenhet på Klokkergårdenkollektivet og gir tilbud til kollektivene i Hedemark.

En utbygging på Stokkekollektivet viste seg å bli alt for dyr, og vi måtte finne annen løsning for å kunne øke antall plasser. Løsningen ble kjøp av en større bolig i nærheten med mulighet for utvidelse og med en flott driftsbygning som kan romme aktiviteter, lager, kontor og ikke minst skole. Eiendommen ble overtatt i mai 2008, og Stokkekollektivet flyttet på høsten. Et bryggerhus på tomta er nå istandsatt med to bad og fire soverom. Antallet godkjente ungdomsplasser er økt til fem.

I 2010 utvidet avdeling Oppsal sitt tilbud og inngikk en rammeavtale med Oslo kommune ved Barne- og familieetaten om fire familiehjemsplasser.

Stiftelsen Klokkergården har utviklet seg gradvis gjennom mange år. Og vi er stolte over å være en stor ideell organisasjon som kan tilby en nesten komplett tiltakskjede. 

Stiftelsen har også fått godkjent og driver sine egne skoler.